Dans le mode de jeu principal (« Guerre de territoire ») le but est de recouvrir la surface du sol d'encre colorée, l'équipe gagnante étant celle qui possède le plus grand territoire. Le joueur incarne un Inkling, un personnage humanoïde pouvant se transformer en calmar. Dans sa forme humaine le joueur utilise une arme pour projeter de l'encre sur le sol ou attaquer les autres joueurs. En calmar il peut se déplacer rapidement à travers l'encre de la couleur de son équipe, traverser les grilles et monter aux murs.