Trois ans après les événements de Beacon Mental Hospital, Sebastian Castellanos a quitté le département de police de la ville de Krimson pour traquer la mystérieuse organisation Mobius, cependant il continue à être hanté par ce qu'il a vécu à Beacon, la disparition de sa femme Myra et la mort de sa fille Lily lors d'un incendie. Noyant ses peines dans un bar, Sebastian est alors approché son ancienne partenaire et agent de Mobius Juli Kidman, qui lui révèle que Lily est toujours en vie.C'est à contrecœur que Sebastian va devoir s'associer à l'organisation Mobius si il souhaite avoir une chance de retrouver sa fille saine et sauve.