Le noyau initial des collections de la bibliothèque vient des bibliothèques ecclésiastiques saisies au moment de la Révolution.
Par le décret du 2 novembre 1789, les biens de l'Église sont déclarés biens nationaux, notion qui est étendue aux biens des émigrés et des suspects confisqués à partir du 27 mars 1792. Ces deux vagues de confiscations ont des répercussions directes sur la formation de la bibliothèque de Blois.
Avant 1789, la ville comptait une dizaine de communautés religieuses, masculines et féminines, qui, toutes possédaient une bibliothèque plus ou moins importante.
La plus riche et la plus variée est la bibliothèque des bénédictins de Saint-Laumer. Composée de 7180 ouvrages en 1791, elle couvre tous les domaines du savoir avec une prédilection pour les ouvrages de théologie qui n'exclut pas les ouvrages de littérature, de science et d'histoire. Enrichie par des dons et par des achats réguliers depuis la fin du XVIe siècle, la bibliothèque des bénédictins possédait des grands classiques de l'édition comme l'Encyclopédie de d'Alembert et Diderot ou comme les publications de leurs collègues bénédictins. Des très nombreuses éditions du XVIe siècle que possédait l'abbaye, seuls sont parvenus cent trente titres, quelques éditions incunables et quelques manuscrits.
La bibliothèque des chanoines réguliers de Notre-Dame de Bourgmoyen (génovéfains) a plus souffert. Riche d'environ 1650 ouvrages en 1789, elle ne subsiste plus qu'à l'état de fragments dans la bibliothèque actuelle, mais ces fragments sont encore d'un grand intérêt. On y repère notamment un bel ensemble d'ouvrages médicaux du XVIe siècle, mais on y rencontre aussi Salluste, Cicéron et Aristote, et des ouvrages géographiques ou historiques.
Des 2676 ouvrages de la bibliothèque du séminaire tenu par les eudistes au bourg Saint-Jean, ne sont parvenus que quelques dizaines de titres mais les séminaires de Blois fourniront un deuxième contingent de livres, beaucoup plus important, lors de la loi de séparation des Églises et de l'État en 1905.
Plus importants sont les restes de la bibliothèque des Dominicains (ou Jacobins) dont 1500 ouvrages sont arrivés à la Révolution dans les fonds de la bibliothèque et dont l'essentiel des titres fait référence à la théologie.
Les autres communautés ne sont présentes que par des titres épars dans lesquels on note les Sermons de Corneille Musso dans une somptueuse reliure "à la fanfare" provenant des Capucins ou l'Histoire ecclésiastique de Bretagne de dom Morice provenant du prieuré de Saint-Lazare.
A ces premiers dépôts allaient s'ajouter en 1792 les biens saisis sur les émigrés. Plusieurs familles nobles du Blaisois possédaient de riches bibliothèques saisies en 1792 mais qui en général leur furent restituées après la Révolution. Par chance pour la bibliothèque, la plus importante de ces saisies ne fut jamais restituée à son propriétaire qui ne revint jamais de son exil. Il s'agit de la très importante bibliothèque de Mgr de Thémines.