La géologie qui détermine la morphologie des paysages a été étudiée aux XIXe et XXe siècles par des naturalistes tels que Camille Florance ou Ernest Faupin, dont les travaux ont été tout récemment actualisés par l'incontournable étude d'ensemble de Claude Le Doussal, Découverte géologique du Loir-et-Cher (2015).
L'étude des paysages se fonde avant tout sur les cartes qui donnent une image globale du territoire. Mais cette image varie en fonction des siècles et des progrès de la cartographie. L'un des premiers documents fiables reste la carte de Cassini, élaborée dans la deuxième moitié du XVIIIe siècle et complétée vers 1840 par la première carte d'état-major. Les cartes antérieures à celle de Cassini donnent toutefois des informations sur la toponymie et sur certains découpages administratifs comme l'étendue du comté de Blois ou le ressort des bailliages. Plus près de nous, les albums de vues aériennes comme Le Loir-et-Cher à tire d'aile ou La Sologne à tire d'aile photographiés par Michel Berger, offrent une autre image du terroir départemental et parfois une vision insolite des paysages. Le terroir c'est aussi les voies de communication dont Jacques Soyer s'est fait le spécialiste, l'habitat, sur lequel plusieurs auteurs (Bernard Edeine pour la Sologne, Denis Jeanson et A. Sarazin pour le Val de Loire) se sont penchés avec bonheur et également la protection des paysages pour laquelle Jean Martin-Demézil lançait voilà 40 ans le cri d'alarme « N'abîmons pas le Loir-et-Cher ». C'est enfin l'évolution des paysages ruraux et urbains que la collection « mémoire en images » permet de mesurer au travers d'une vingtaine de titres sur le département.
Le territoire d'Agglopolys est marqué par la présence de trois grandes forêts domaniales. Ces trois forêts (forêt de Blois, forêt de Russy et forêt de Boulogne) conservent les limites qui étaient les leurs au Moyen âge. De multiples bois et forêts privés structurent le paysage : bois de Cheverny, Sudon et de Chaumont sur la rive gauche, vestiges de la forêt de Blémars sur la rive droite. L'existence de très nombreux châteaux a généré depuis le XVIe siècle la création de parcs clos de murs (parcs de Cheverny et de Ménars) ou ouverts (parc de Chaumont) mais aussi de nombreux jardins dont plusieurs ont été reconstitués ou créés ces toutes dernières années (jardin des portraits de Beauregard, jardins de Cheverny, roseraie de Blois). A cet égard, le domaine de Chaumont joue depuis 1991 un rôle pilote avec son festival international des jardins qui attire en Val de Loire paysagistes, jardiniers, plasticiens et visiteurs. Les publications du festival et du domaine, régulièrement acquises par la bibliothèque, ont favorisé l'apparition d'une nouvelle philosophie en matière de création de jardins et de fleurissement urbain, illustrée entre autres par le livre Jardins nomades, tapis de fleurs d'Eric Ossart et Arnaud Maurières (1997).
Dès le XVIIe siècle le médecin de Marie de Médicis Paul Reneaulme, dans son Specimen historiae plantarum relève des plantes caractéristiques du val de Loire comme la fritillaire pintade. C'est à partir du XIXe siècle que le Loir-et-Cher produit une floraison de savants botanistes. L'abbé Lefrou, curé de Cour-Cheverny publie dès 1837 un Catalogue des plantes qui croissent spontanément dans le Loir-et-Cher. Ses travaux sont suivis par ceux d'Adrien Franchet (Flore de Loir-et-Cher, 1881) d'Ernest Faupin (Champignons comestibles et vénéneux 1903) et par la création d'une active Société d'Histoire naturelle de Loir-et-Cher dont les travaux font toujours autorité depuis sa création en 1883. Plus récemment, on peut citer le beau livre de Jean-Paul Grossin et le film de Laurent Charbonnier sur la faune de Chambord sauvage, l'album de Philippe Huet et Louis-Marie Préau sur la Loire sauvage, les publications de Perche nature sur les Oiseaux de Loir-et-Cher, les rapaces diurnes ou les orchidées du Perche, l'ouvrage de Dominique Mansion sur les trognes - ces arbres élagués caractéristiques du Perche - et celui de Roger Breton et Gérard Ferrand sur les Arbres remarquables du Loir-et-Cher.