La Bible est bien représentée avec plus de 300 éditions différentes allant du XVe au XIXe siècle.
Dominant le paysage, les quatre bibles polyglottes présentent le texte en latin, grec, hébreu, chaldéen et araméen, langues auxquelles s'ajoutent, suivant les éditions, l'arabe, le perse et le syriaque. La première polyglotte publiée en 1515 à Alcala (Espagne), est l'œuvre du cardinal Jimenez de Cisneros qui en finança l'édition. Celle d'Anvers (1569-1572), la plus luxueuse, fut patronnée par Philippe II d'Espagne. La bibliothèque possède également l'édition de Paris (1629-1645) et celle de Londres (1657), oeuvre de Brian Walton, la plus complète avec le lexique d'Edmond Castell.
D'autres bibles se signalent par la richesse de leur illustration (Bible de Mortier, Bible de Saugrain), par l'élégance de leur traduction (Bible de Lemaitre de Sacy) ou par la beauté de leur typographie (Bible de Richelieu, Bible dite « des évêques »). Les versions en langue vernaculaire sont assez nombreuses. Le Nouveau testament adapté en français par Julien Macho en est l'une des plus anciennes versions, imprimée à Lyon en 1477. Le Nouveau testament imprimé par Pierre de Vingles en 1534 annonce la grande bible dite d'Olivetan publiée l'année suivante par les réformés à Neuchâtel. Les psaumes mis en vers par Clément Marot témoignent de l'effort des réformés pour mettre le texte sacré à la portée du plus grand nombre. La bible de Brucioli est la première version en italien et celle dite « à l'ours » en référence à sa marque d'imprimeur, est la première en espagnol. Leur condamnation par le Vatican et par l'Inquisition fut cause de leur disparition et, par suite, de leur rareté. On notera d'élégantes impressions de Baskerville (The Holy Bible de 1763) et de Didot (Bibliorum sacrorum de 1785). A ces éditions on peut encore ajouter les versions imprimées en grec ou en hébreu par Robert Estienne et la bible imprimée en hébreu par Plantin à Anvers en 1578 dont les marges sont couvertes d'annotations faites au XVIIe siècle par le grand pasteur protestant que fut Samuel Bochart.
La théologie regroupe également les livres de liturgie parmi lesquels on remarque le rarissime Missale mixtum dictum mozarabes à l'usage de la population mozarabe, imprimé à Tolède en 1500, le Nécrologe manuscrit de l'abbaye de Pontlevoy (XIIe siècle) ainsi que plusieurs livres d'heures imprimés ou manuscrits, dont certains sont enluminés. L'Oratio dominica publié en 1700 est un curieux essai de traduction du Pater noster en cent langues et alphabets différents.